浮游菌采樣器是一種高效的多孔吸入式塵菌采樣器。它根據顆粒撞擊原理和等速采樣理論設計，采樣直接，采樣口風速與潔凈室內風速基本*，能更準確地反映潔凈室內的微生物濃度。采樣時，帶塵菌空氣高速通過微孔，被撞擊在培養皿內的瓊脂表面；這些活體微生物在培養過程中，發生動態再水化過程，高速生長，從而更快得出結果。
目前對浮游菌采樣器的種類以及采樣原理的研究已經較為成熟。浮游菌采樣器可以分為三大類：微孔式、狹縫式和離心式。以微孔撞擊式為例，依據Anderson原理，浮游菌采樣器通過泵的抽氣，使空氣中的顆粒以一定的流速進入采樣器。只有流速乘以顆粒的質量得到的值，也就是顆粒的動量，大于培養基表面的氣墊阻力乘以受阻的時間所得到的值時，該微生物顆粒可以被吸附在培養基上。
否則，該顆粒將通過浮游菌采樣器的旋風分流裝置排出，而不能夠被培養皿捕獲。因此，氣體的流速這一參數是采樣過程的關鍵，其大小直接影響到在一定時間內培養皿中所能采集到空氣微生物顆粒的數量。在儀器結構不被破壞的情況下，一般認為空氣的橫截面積是恒定的，流量與流速是成線性正比的關系。因此，采用測定流量值的方法間接反映流速的大小是合理的。但是，目前國內對浮游菌采樣流量的校準方法只是停留于測定空載狀態下的采樣流量，并沒有對工況條件下采樣流量以及其他校準參數提出任何要求，缺乏一套系統的評判方法。